李成棟的首次進攻江陰城以慘敗結束，軍兵當天傷亡三千余人。因為有些人中的是毒弩毒箭，有的被銅汁鐵汁燙傷，傷口極易發炎潰爛死亡，所以死亡人數還會增加。

    這當頭一棒砸得李成棟暈頭轉向，這才知道遇上了遠比嘉定更加難纏的對手，也明白了劉良佐不肯向自己透漏對手防御措施的原因，無非就是多找一個頂缸者，大家五十步笑百步，誰也不比誰高明。

    清軍統帥博洛倒被這當頭一棒砸得有了幾分清醒，原來，華夏的民眾還真有血性男兒，不似那些高官顯貴那般軟骨頭，奴顏婢膝。他向朝廷奏本，希望調集更多的紅衣大炮送來江陰，說要轟平該城。

    這天下午，清軍負責火炮的將領石王帶人登上城東的泰望山，居高臨下窺視城中地形，選擇炮位。在江陰城東城樓上負責守城的王公略順著夕陽望去，見一群人盔明甲亮，眾星捧月，連忙讓人將兩門火炮抬來，讓炮手瞄準那些清軍將領突然開炮。炮彈在清軍將領中爆炸，為首的石王被炸得粉身碎骨，其他幾位陪同者也都見了閻王。

    消息傳到山下清軍大營，統軍大帥貝勒博洛恨得咬牙切齒，氣沖斗牛。曾幾何時，他還狠狠地打了劉良佐四十大板，如今，在他眼皮底下，第三位王爺命歸陰曹，叫人情何以堪！

    前前后后，清軍一共運來兩百多門大炮，開始晝夜不停地轟擊江陰城，尤其是城池東北角，閻應元組織帶領城中的工匠師父冒著敵人的炮火搶修城墻。清軍們也感到奇怪，前一天明明轟開了一個口子，可是第二天卻依然完好如初。

    在清軍嚴密封鎖下，城中的給養日漸困難。在那樣的情況下，閻應元依然組織大家過了一個中秋節。守城的軍門從八月十三到八月十七日，都發了月餅等物。全城人同仇敵愾，眾志成城，拼命守城，甚至連小偷、妓女也都參加。

    清兵慢慢也摸索出了規律，只要炮聲響著，城上的人就隱蔽在城垛后或者隱蔽部里，只有炮聲停止他們才會進入戰斗位置。

    八月二十日，大雨下了一天一夜，清軍也集中火力炮擊江陰城東北角一夜，轟塌了一段城墻。然后清軍就開始放空炮，此刻，一群群蝗蟲似地清兵已經從城墻坍塌處蜂擁入城，等防守者發現時，已經有相當數量的清兵進入城中。

    閻應元得到報告，向人索筆在城樓上留下遺詩一首：

    八十日帶發修行，

    表太祖十七朝人物。

    十萬人同心死義，

    留大明三百里江山。

    寫畢擲筆于地，率領壯士趕來救應。他們出出進進殺了幾個來回，無奈清兵有增無減，身邊的同伴所剩無幾。此時，其已經身中三箭，跑到一個荷花池邊，投池自盡，被追到的清兵撈出，送到了博洛大營。士兵喝令閻應元下跪，其傲然挺立，寧死不跪。士兵用長槍刺穿了其小腿，其跌倒于地，照樣不跪。博洛勸降時，閻應元罵不絕聲。博洛見急切間勸降不成，吩咐關起來翌日再審。哪料到次日再去提人，其已經魂歸九天。

    另一守城領袖陳明遇家人自焚，其手持兵器與敵廝殺致死，尸體僵立不倒。

    江陰縣教習馮厚敦是文人，帶領全家及親戚在明倫堂自縊身亡。